Neuvostoliiton aika
Lokakuun vallankumouksen jälkeen tammikuussa 1918 kaikki kirkot menettivät julkisoikeudellisen asemansa ja koululaitos erotettiin kirkoista. Uskonnon opetus kouluista poistettiin eikä uskonnon opetusta lapsille saanut harjoittaa seurakunnissakaan.. Alle 18-vuotiaat eivät voineet liittyä kirkkoon eivätkä osallistua sen elämään. Kirkkojen omaisuus takavarikoitiin valtiolle eli kuten asia kauniisti sanottiin, otettiin kansan haltuun. Seurakunnat saivat anomalla kirkkoja ja jumalanpalveluksissa tarvittavaa esineistöä käyttöönsä aluksi maksutta, mutta myöhemmin tästä valtion omaisuuden käytöstä piti maksaa.
Pappilat otettiin yhteiskunnan haltuun. Pappien oli muutettava niistä pois. Käytännössä tämä merkitsi pappien pakenemista Suomeen. Niin sanotun sotakommunismin aikana 1919–1920 suurin osa seurakunnista jäi ilman pappia. Vuonna 1921 Inkerin kirkossa oli jäljellä vain viisi pappia.
Uusi uskontoa koskeva laki ei tuntenut lainkaan sanaa seurakunta. Lähinnä sen korvasi sana uskonnollinen yhteisö. Siihen tuli kuulua vähintään 20 henkeä, jotka muodostivat yhteisönsä päättävän hallintoelimen. Heidän tuli rekisteröidä yhteisönsä ja itsensä siitä vastaaviksi hallintoelimen Dvadsatkan jäseniksi. Rekisteröintejä saatettiin vaatia useita kertoja vuodessa. Dvadsatkan jäsenet vastasivat henkilökohtaisesti yhteisönsä käyttämän valtion omaisuuden vuokrasta ja kunnosta. Taloudelliset vaatimukset saattoivat nousta niin suuriksi, että yhteisön oli luovuttava kirkon käytöstä, jolloin yhteisön julkinen kokoontuminen päättyi.
Venäjän luterilaisen kirkon hallinto oli lamaantunut sotakommunismin ajan. Inkerin kirkossa järjestettiin oma hallinto. Se koostui seurakuntien yhteisestä kirkolliskokouksesta ja konsistorista. Kirkolliskokous kokoontui kerran vuodessa. Se valitsi muun muassa konsistorin jäsenet ja esimiehen eli piispan. Konsistorin tehtäviin kuului seurakuntien toiminnan ohjaaminen, valvonta ja pappispulan aikana sopivien miesten valmentaminen papillisten tehtävien hoitajiksi. Näistä pikakoulutetuista työntekijöistä käytettiin nimitystä seurakunnan hoitaja. Konsistori piti yhteyttä valtion viranomaisiin ja Venäjän luterilaiseen kirkkoon, kun se sai hallintonsa järjestetyksi. Ensimmäiseksi konsistorin esimieheksi ja piispaksi synodi valitsi joulukuussa 1921 Felix Relanderin. Sairastuttuaan hän siirtyi Suomeen jo vuonna 1923. Hänen seuraajakseen valittiin vuonna 1924 S.J. Laurikkala, joka halusi käyttää vain rovastin arvonimeä.
Seurakuntien toimintaa vaikeuttivat bolshevikkihallinnon määräykset, jotka kielsivät muun muassa uskonnon opettamisen lapsille. Määräysten johdosta seurakuntien rippikoulu ja pyhäkoulu joutuivat vaikeuksiin. Toimintaa yritettiin jatkaa, muuttamalla työmuotojen nimet. Rippikoulusta tuli konfirmaatiovalmistus ja pyhäkoulusta lasten jumalanpalvelus. Näin yritettiin työtä jatkaa, mutta pyhäkoulun opettajia vainottiin niin, että heidän oli pakko lopettaa pyhäkoulujen pito. Hengellisesti ja kirkollisesta kirjallisuudesta oli pula, sillä sitä ei saanut painaa eikä tuoda ulkomailta.
Vähitellen seurakuntien elämä hiipui, kun seurakuntien hoitajat vangittiin ja monet teloitettiin. Kirkot suljettiin ja otettiin muuhun käyttöön. Konsistorin toiminta loppui elokuussa 1937, kun enää kaksi sen jäsentä oli vapaalla jalalla. Viimeinen suomalainen pappi palasi Suomeen 1938. Sen jälkeen kaikki seurakuntien virallinen toiminta oli loppunut. Yksittäiset seurakuntalaiset saattoivat pitää seuroja kodeissa tai kirkossa, mikäli sitä ei ollut suljettu. Vuodesta 1938 vuoteen 1942 inkeriläisillä ei ollut pappeja eikä seurakuntia. Yksityistä hengellistä elämää ja maallikkovoimin toimitettuja kirkollisia toimituksia ilmeni heidän keskuudessaan.
Saksalaiset valloittivat Länsi- ja Etelä-Inkerin syksyyn 1941 mennessä. Valloitetulle alueelle jäi yli 60 000 inkeriläistä. Leningradin piiritykseen jäi noin 30 000 inkeriläistä. Vuoden 1942 alussa suomalaisryhmä kävi tutustumassa inkeriläisten oloihin saksalaisten valloittamilla Inkerin alueilla. Sen jäsenet havaitsivat inkeriläisten hengellisen nälän olleen polttavampi kuin aineellisen. Elokuussa 1942 inkeriläissyntyinen pappi Juhani Jääskeläinen lähetettiin Suomesta Inkeriin järjestämään ja hoitamaan kirkollista toimintaa, mihin saksalaiset antoivat luvan. Myöhemmin samaan työhön lähetettiin kaksi muuta suomalista pappia, Jussi Tenkku ja Reino Ylönen. Silloin Inkerin kirkko ei syntynyt uudelleen. Vain kymmenkunnassa paikallisseurakunnassa saatiin aikaan toimintaa ilman yhteistä johtoa. Pidettiin jumalanpalveluksia ja hartaustilaisuuksia, toimitettiin kasteita, pidettiin rippikouluja ja konfirmoitiin, toimitettiin hautauksia ja järjestettiin suomenkielistä koulutoimintaakin.
Kaikki tämä kuitenkin loppui, kun puna-armeija valloitti Inkerin 1944. Suomeen siirretyt inkeriläiset osallistuivat seurakuntien elämään, mutta sekin loppui vuoden 1944 lopulla, kun suurin osa 63 000 inkeriläisestä palautettiin Neuvostoliittoon. Siellä heidän hengellinen ja kirkollinen elämänsä oli näkymätöntä tai naamioitua joksikin muuksi. Viroon paenneet tai asettuneet inkeriläiset voivat osallistua sen luterilaisen kirkon toimintaan. Siellä heitä palveli myös vankeudesta vapautunut inkeriläinen seurakunnan hoitaja 1940-luvun lopulla. Kaksi muutakin vankeudesta vapautunutta saarnamiestä palveli inkeriläisiä kuolemaansa saakka Karjalassa ja Inkerissä 1950- ja 60-luvulla. Sen jälkeen karismaattiset naissaarnaajat hoitivat heimolaistensa hengellistä elämää.
Vuonna 1970 rekisteröitiin Petroskoihin ensimmäinen inkeriläisten luterilainen seurakunta yli 10 vuotta kestäneen sitkeän toiminnan tuloksena. Näin kirkosta tuli jälleen näkyvä. Vuonna 1977 aloitti toimintansa toinen inkeriläisseurakunta Pushkinissa. Molemmat liitettiin Viron luterilaisen kirkon yhteyteen ja sieltä nämä seurakunnat saivat pappinsa ja muuta tukea. Näiden kahden seurakunnan varassa inkeriläisten kirkollinen elämä elpyi 1970- ja 80-luvulla. Seurakunnat saivat huomattavaa hengellistä ja aineellista tukea myös Suomesta.
Kirkkojen ja vähemmistökansallisuuksien asema korjaantui nopeasti perestroikan ja glasnostin ilmapiirissä. Vuonna 1988 Venäjän ortodoksinen kirkko sai viettää näkyvästi 1000-vuotisjuhliaan. Inkeriläiset pääsivät julkisuuteen Punalippu-nimisessä lehdessä elokuussa 1987. Suomalainen kansallistunto ja luterilainen kirkollisuus voimistuivat heidän keskuudessaan. Ne eivät enää aiheuttaneet heille ikävyyksiä, vaan vahvistivat heidän identiteettiään ja itsetuntoaan. Erityiseen arvoon heidän suomalaisuutensa nousi, kun Mauno Koivisto antoi heille huhtikuussa 1990 luvan tulla Suomeen paluumuuttajina.
Vanhojen inkeriläisseurakuntien alueilla asuvat ihmiset alkoivat kokoontua ja hakea rekisteröintiä seurakunnilleen. Ennen Neuvostoliiton hajoamista rekisteröityjä seurakuntia oli ainakin 13. Ne muodostivat oman rovastikunnan Viron kirkon yhteydessä.
Tässä vaiheessa Kirkon Ulkomaanapua tuli uusien seurakuntien avuksi. Leino Hassinen lähetettiin pikakouluttamaan työntekijöitä toimintansa aloittaviin seurakuntiin. Heille järjestettiin koulutusta myös Suomessa. Viron luterilaisen kirkon konsistori muodosti oman rovastikunnan inkeriläisseurakunnista ja nimitti ensin Paul Saarin ja hänen jälkeensä Leino Hassisen Inkerin rovastikunnan lääninrovastiksi. Muutamien muiden henkilöiden kanssa hän laati ehdotuksen kirkkojärjestykseksi ja syntyvän kirkon toimintasuunnitelman. Kirkon Ulkomaanapu ja monet kristilliset järjestöt ja herätysliikkeet lähettivät pappeja ja muita kirkon työntekijöitä toimimaan uusissa seurakunnissa.
Viro itsenäistyi 20 vuotta sitten. Siitä seurasi, että Inkerin rovastikunnasta tuli vuoden 1992 alussa itsenäinen kirkko, joka muodostui 13 seurakunnasta. Sen jälkeen alkoi seurakuntien määrä kasvaa. Niitä on nyt noin 80 ympäri suurta Venäjän maata, jonne inkeriläiset hajotettiin neuvostovallan toimesta.