Omskin evankelisluterilainen seurakunta perustettiin 1716. Mainittuna vuonna Venäjän tsaari, Pietari Suuri, antoi käskyn linnoittaa Irtish- ja Om-jokien risteys. Linnoitustöihin lähetettiin Suuressa pohjansodassa vangeiksi jääneitä Ruotsi-Suomen armeijan upseereita. Myös linnoituksen päällikkö oli luterilainen Johan Bugolts. Linnoituksen keskustaan nousi samana vuonna puinen luterilainen kirkko.
Alussa kirkonkirkonkellot sijaitsivat pienessä lähes kupolimaisessa tornissa, joka sijaitsi kirkon harjalla. 1900-luvun alussa kupoli poistettiin ja katon eteläiselle harjalle rakennettiin korkeampi kellotorni. Tuo kellotorni purettiin 1970-luvulla.1700-luvunpuolivälissä Omskin linnan paikkaa siirrettiin Om- joen vasemmalle rannalle. Tulevan paraatiaukion laidalta, aivan komendantin talon vierestä, annettiin tontti uudelle luterilaiselle kirkolle. Ruotsalaisen arkitehdin piirrustusten mukaisesti ja seurakuntalaisten varoin, tontille rakennettiin tiilinen 100 paikkainen kirkko. Hallitsijansuojeluspyhimyksen mukaisesti nimetty Pyhän Katariinan kirkko vihittiinkäyttöön 24. marraskuuta 1792. Seurakuntalaiset olivat alussa lähinnä sotilaita ja kirkosta käytettiinkin pitkään nimitystä sotilaskirkko.
Kirkko länsiseinässä on seitsemän suurta kaari-ikkunaa. Samoin kirkon pohjoispäädyssä oli kaksi kaari-ikkunaa. Tämän kirjoittajalla ei ole varmaa tietoa siitä oliko alussa myös eteläpäädyssä kaari-ikkuna, mutta ensimmäissä 1800-luvun lopun valokuvassa tuo kaari on kuitenkin jo ollut suljettuna. Kulku kirkkoon tapahtui eteläpäädyssä olevan oven kautta. Kirkon itäisellä alttariseinällä oli suuri puolikaari. Oliko kaaressa tai kaaren reunoilla ikkunoita on allekirjoittaneelle epäselvää.
Pyhäkkö suljettiin 30-luvun vainoissa. Sitä häpäistiin ensin varastona ja 1970-luvulla seurakunnan pyydettyä sitä takaisin käyttöönsä, se tuhottiin sisältä. Alttarikaareen rakennettiin portaat ja saliin toinen kerros. Sittemmin kirkko on toiminut sisäministeriön poliisimuseona ja vielä pari vuotta sitten alttarin paikalla seisoi neuvostoliiton salaisen poliisin perustajan Feliks Dirzsinskin valtava rintakuva.
Kirkon takana oleva pappilarakennus on niinikään hävitetty ja sen tilalla seisoo nyt suuri sisäministeriön konserttitalo. Kaikessa rumuudessaan se nojaa yhteen kapungin vanhimpaan kirkkoon johon sisälle pääseekin nyt vain kulttuuritalon kautta.
Omskin seurakunnan harras rukous ja toive on saada kirkko taas siihenkäyttöön, johon se on rakennettu. Kirkoksi. Herran temppelin nykyinen käyttöpaitsi loukkaa syvästi uskovia. Ajattelemme että rakennuksen nykyinen käyttötapa ei voi myöskään olla kunniaksi saati siunaukseksi kaupungille ja sen asukkaille. Omskin seurakunta on anonut rakennuksen lainmukaista palauttamista takaisin kahdesti. Toistaiseksi asiassa ei kuitenkaan olla edistytty.