KESKUSHALLINTO
Inkerin kirkko toimii yhtenä hiippakuntana. Alun alkaen se oli vain Inkerinmaalla, Pietarissa ja sen ympäristössä Laatokan ja Viron välissä. Nykyisin se toimii koko Venäjällä kaukaista Siperiaa myöten.
Kirkon kanslia sijaitsee Pietarin keskustassa Pyhän Marian kirkon pihapiirissä osoitteessa ulitsa Bolshaja Konjushennaja 8.
Piispa on kirkon ja sen papiston esimies ja hengellinen johtaja. Piispa valitaan kirkolliskokouksessa, jolloin äänioikeus on jäsenten lisäksi kaikilla kirkon palveluksessa olevilla papeilla ja diakoneilla. Piispan tulee olla Venäjän kansalainen. Piispan varamiehenä toimii vikaari, joka on joku lääninrovasteista. Hänet nimittää kirkkohallitus toimikaudekseen.
Kirkkohallitus on kirkon hallinnon toimeenpaneva elin. Piispa on sen puheenjohtaja ja siinä on kahdeksan kirkolliskokouksen nimittämää jäsentä, joista kolme on pappeja tai diakoneja. Kirkkohallitus kokoontuu tavallisesti kuusi kertaa vuodessa. Sen tehtävä on samanlainen kuin Suomen kirkon tuomiokapitulilla on hiippakunnassaan.
Kirkkohallituksen kokoonpano v. 2011-2012
Varsinaiset jäsenet:
Puheenjohtaja piispa Aarre Kuukauppi, varapuheenjohtaja lääninrovasti Olav Pantsu (Saratov), pastori Anatoli Pogasin (Kazan), pastori Igor Kreos (Omsk), Oksana Dyba (Kontupohja), Vadim Bakurin (Keltto), Jelena Maslokova (Velikie Luki), Pavel Stoljarov (Pyhä Mikael, Pietari) ja Olga Lysakova (Viipuri).
Varajäsenet:
Valeri Patsushev (Joshkar-Ola), pastori Andrei Vladimirov (Voronez), Aleksei Savolainen (Skuoritsa), lääninrovasti Sergei Shanin (Tver), Nadezda Krongolm (Petroskoi), Aleksandr Tsilikin (Saransk), Aleftina Tolkatseva (Kosemkina) ja Vladimir Hukka (Nizhni Novgorod).
Kansliakollegio valmistelee kirkkohallitukseen tulevat asiat ja huolehtii päätösten toimeenpanosta. Se muodostuu kirkon kanslian johtavista työntekijöistä.
Kirkolliskokous on kirkon ylin päättävä hallintoelin. Se kokoontuu tavallisesti kerran vuodessa. Puheenjohtaja on piispa. Siinä on 24 maallikkojäsentä ja 10 pappisjäsentä. Se käsittelee asioita, jotka koskevat kirkon oppia ja työtä sekä kirkon lainsäädäntöä, hallintoa ja taloutta.
Kirkolla on toimikuntia, joita kirkolliskokous voi asettaa eri työaloja varten, esimerkkeinä lapsi- ja nuorisotyö, diakonia, lähetys, jumalanpalvelus ja kirkkomusiikki.
Pääsihteeri on piispan apuna hallinnollisissa asioissa.
Asessori on kokenut pappismies, jonka kirkkohallitus kutsuu neuvonantajaksi kirkon hallintoon.
ROVASTIKUNNAT
Inkerin kirkko jakautuu rovastikuntiin. Tällä hetkellä rovastikuntia on seitsemän: Länsi-Inkerin, Karjalan, Moskovan, Volgan alueen, Pietarin, Siperian, ja Uralin rovastikunnat.
Lääninrovasti toimii piispan ja kirkkohallituksen apuna rovastikuntansa kirkollisessa hallinnossa. Hän on joku rovastikunnan kirkkoherroista. Kun matkat ovat paikoitellen hyvin pitkiä, lääninrovastin rooli on keskeisempi kuin Suomessa.
SEURAKUNNAT
Inkerin kirkkoon kuuluvan seurakunnan perustamiseen tarvitaan vähintään 25 aikuista. Kirkkohallitus päättää seurakunnan perustamisesta. Seurakunta rekisteröidään yhdistykseksi, muodollisesti itsenäiseksi juridiseksi henkilöksi. Silloin se voi omistaa omaisuutta. Jos se ei seuraa kirkon perinteitä ja noudata sen päätöksiä, kirkkohallitus voi erottaa sen yhteydestään, jolloin sen rekisteröiminen raukeaa. Seurakuntia on vuoden 2007 lokakuussa yhteensä 78.
Seurakunnan äänioikeutettuna jäsenenä voi olla 18 vuotta täyttänyt henkilö, joka on liittynyt seurakuntaan, kastettu, konfirmoitu ja maksanut jäsenmaksunsa. Heistä tulee pitää luetteloa. Muita seurakuntaan kuuluvia, siis lapsia, konfirmoimattomia taikka jäsenmaksuaan maksamattomia kutsutaan seurakuntalaisiksi. Lisäksi toiminnassa on mukana ihmisiä, jotka eivät ole liittyneet seurakuntaan. Siksi seurakuntien äänioikeutettujen jäsenten määrää ei voi verrata Suomen kirkon seurakunnan jäsenmäärään. Keskimäärin seurakunnassa on noin sata äänioikeutettua jäsentä, mutta määrä vaihtelee suuresti.
Kirkkoherra on seurakunnan ja sen työntekijöiden esimies. Viran tultua avoimeksi se julistetaan haettavaksi. Jos päteviä hakijoita on enemmän kuin yksi, suoritetaan vaali samaan tapaan kuin Suomessa. Tätä tapahtuu kuitenkin erittäin harvoin.
Seurakunnassa voi olla myös muita pastoreita.
Diakoni on virkaan vihitty kirkon työntekijä. Hän tekee yleistä seurakuntatyötä, siis ei nimenomaan diakoniaa. Häneltä vaaditaan lyhyempi koulutus kuin pastorilta. Kun pappeja ei riitä kaikkiin pastorin virkoihin, kirkkohallitus voi antaa määräajaksi diakonille luvan hoitaa kaikkia papin viran tehtäviä ja toimia myös virkaatekevänä kirkkoherrana. Suuri osa kirkkoherrojen viroista onkin diakonien hoidossa.
Inkerin kirkko ei vihi naisia papeiksi tai diakoneiksi eikä toivo papillisiin tehtäviin myöskään muissa kirkoissa vihittyjä naispappeja.
Jumalanpalvelukseen, kirkollisiin toimituksiin, diakoniaan tai opetukseen liittyvässä pysyväisluonteisessa työssä voi olla vain Inkerin kirkon jäsen.
Seurakuntaneuvosto on seurakunnan toimintaa ja työtä hoitava hallintoelin. Puheenjohtajana on kirkkoherra, jäseninä 4-6 henkeä.
Seurakuntavaltuusto käyttää seurakunnan päätösvaltaa. Siinä on vähintään 9 ja korkeintaan 15 jäsentä. Puheenjohtajana on luottamushenkilö.
Seurakuntakokous toimittaa vaalit ja keskustelee seurakunnan asioista. Pienissä seurakunnissa seurakuntakokous voi päättää, että seurakuntavaltuustoa ei valita. Silloin valtuustolle kuuluvat asiat päätetään seurakuntakokouksessa. Siihen saavat osallistua kaikki seurakunnan äänioikeutetut jäsenet.
Seurakunnassa voi olla toimikuntia eri työaloja varten.